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本文从两个案例入手，对企业重组过程中不同计税方式的选择，造成的纳税结果进行对比，并分析产生的结果，以验证一般计税办法和特殊性税务处理对重组交易的影响。
近年来，我国实体经济投资增速放缓，部分行业产能过剩，经济下行压力较大，国家层面一直深化改革，坚持以推进供给侧结构性改革为主线，积极推进结构调整和新旧动能转换。2016 年7 月17 日，国务院办公厅发布《关于推动中央企业结构调整与重组的指导意见》（国办发〔2016〕56 号）。意见指出，稳妥推进装备制造、建筑工程、电力、钢铁、有色金属、航运、建材、旅游和航空服务等领域企业重组，鼓励煤炭、电力、冶金等产业链上下游中央企业进行重组，鼓励中央企业积极开展并购重组，提高产业集中度，推动质量品牌提升。
一方面是国家层面的经济结构调整，另一方面是企业自身的发展需求，必然催生出大量企业重组整合，以实现新旧动能转换，整合资源，发挥优势。为此，国家陆续出台了一系列的包括经济、税收层面的优惠政策，鼓励企业进行重组整合，降低重组整合难度，加快整合进程。
与之配套的税收政策，财政部、国家税务总局自2009 年以来，陆续发布了涉及到企业所得税、增值税、土地增值税、契税、印花税等诸多税种的税收政策，特别是2014 年以来，国务院及财税主管部门密集出台了一系列针对并购重组的税收法律文件，尤其是企业所得税方面，先后颁布、实施了《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2014]109 号，以下简称109 号文）、《关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税[2014]116 号，以下简称116 号文）、《关于资产（股权）划转企业所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015 年第40 号，以下简称40 号公告）、《关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2015 年第48 号，以下简称48 号公告）、《关于企业改制上市资产评估增值企业所得税处理政策的通知》（财税[2015]65 号，以下简称65 号文）等文件。重组过程中，税收政策的选择，对重组各方分别有何种影响，如何选择适合的税收政策？这些需要在准确理解的基础之上加以分析之后，才能恰当选择。
以重组中的所得税为例，税收政策的选择意味着各重组方的承担的重组税收成本的不同。
案例一：甲公司是一家从事药品批发行业的医药批发企业，其下属的全资子公司乙公司是一家从事药品零售的连锁性医药零售企业。乙公司仓库、办公场所租赁自甲公司。2016 年，甲公司决定蒋乙公司整合上市，为此，实施了一系列健全乙公司内控、使乙公司财产、人员独立的措施，其中涉及将乙公司租赁甲公司的仓库和办公楼过户到乙公司名下，以此规避后续发生的关联交易。该事项所涉及的房产账面价值4000 万元，市场公允价值8000 万元，甲公司拟将其作价增资投入乙公司。
按照116 号文的规定，该事项属非货币性资产（房产）对外出资，应当按照公允价值8000 万元，扣除计税成本4000 万元（假定账面价值即为计税成本），计算确认非货币性资产转让所得。
因此，不考虑增值税和土地增值税等其他税种的情况下，该事项实现应纳税所得额：8000 万-4000万元=4000 万元应当缴纳企业所得税：4000 万元*25%=1000 万元另外，根据116 号文第六条的规定，甲公司还可以选择特殊性税务处理。根据109 号文和40 号公告，像甲乙公司这样100% 控股的母子公司之间，可以选择特殊性税务处理，甲公司按照账面净值4000 万划转给乙公司，乙公司增加实收资本或者资本公积，相关资产的计税成本按照原甲公司的账面净值也就是4000 万元确定。如此，双方均不确认所得，无需缴纳企业所得税。
上述政策的选择运用，应基于甲公司的战略目标，由于乙公司是拟IPO 企业，如果选择特殊性税务处理，从交易时点上看，母公司少缴纳企业所得税1000 万元，节约了资金。当从长期来看，乙公司获得资产计税成本减少了4000 万元，该部分无法抵扣企业所得税，从而造成乙公司需要在以后年度多缴纳企业所得税1000 万元。税收政策的选择，仅仅推迟了所得税的缴纳时间，并未减少应交企业所得税的绝对额。同时，选择特殊性税务处理，使母公司现时的纳税义务转移给了乙公司，造成乙公司以后年度多缴纳1000 万所得税，按20 年折旧期计算，每年减少净利润50 万元。按照20 倍市盈率计算，将使乙公司的市值下降1000 万。因此，甲公司应当综合权衡，审慎选择税收政策，是现时少缴纳企业所得税1000 万元，还是先缴纳企业所得1000 万元，为拟上市公司乙公司打好基础，实现更多利润，在资本市场上获得更高收益。
案例二：丙公司是一家从事食品包装的企业，其主要业务是为丁公司代加工食品包装箱，因国家环保政策，原材料价格不断上升，丙公司经营困难，公司股东决定将公司转型，通过与丁公司沟通，达成意向，拟在2016 年10 月20 日将其食品包装生产线转让给丁公司。丙公司账面资产总额10000 万元，拟转让的生产线及厂房账面价值7000 万元，公允价值10000 万元。丁公司支付丙公司货币资金1000 万元，剩余款项丁公司向丙公司定向增发1000 万股，每股价格9 元。
