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强化预算管理
新《医院会计制度》中的一个亮点就是：“在一个会计系统中同时容纳了预算信息和财务信息，这也就确立了兼顾财务管理和预算管理双目标、双基础的会计模式”。医院服务的对象是广大普通的人民群众，强调医院救死扶伤的公益性，国家势必将增加对医院的财政补助，这样一来预算管理势必成为政府和医疗机构必须重视的问题。目前，很多医院不重视预算管理工作，预算管理观念落后，仅靠个别财务人员，依据上年财务报表，粗略的估计，简单的进行数字调整。预算是一回事，执行又是另一回事，忽视了预算的严肃性、有效性；未做到管理到科、责任到人；未做到按实际执行情况及时调整偏差，保证预算完成；未做到对预算进行考评、分析。一些医院在进行大型设备购置、重大投资决策，甚至考虑银行贷款规模时，主观、盲目，完全不参考财务人员的预测分析，仅凭个别领导的经验做决定。财务科是医院的财务经营管理中心，财务人员应对以前年度预算执行情况进行全面分析，根据医院事业发展计划、年度工作计划，在重点保证人员费用、基本公用费用（如水电气、药品、材料等）、医院发展费（如设备购置，修缮费等），确保医院现金流的情况下，采用固定预算、弹性预算、动态预算、零基预算等多种方法，编制医院的收入、费用预算、现金流量预算、资金投资计划及投资效益预测等预算方案，确定全院预算指标。再根据指标的构成、科室的责任和能力，逐个分解编制二级科室责任预算。对每个核算科室实行定额管理，即定岗、定员、定费用指标。并确立每个核算科室的工作量、业务收入、收入结构、费用水平、药品比例等指标，使科室明确工作目标。在经营过程中，财务人员还应不断分析指标完成情况并及时进行调整，促使科室全面开展优质、高效、低耗服务，促进医院更合理地利用人、财、物等资源，提高医院的经济效益和社会效益。
加强全面成本核算
新的医院财务、会计制度重点强化了对成本管理的要求，对成本管理的目标、成本核算的对象、成本核算应遵循的原则、成本归集分摊的流程、成本分析和成本控制等作出了明确规定。目前我国医疗费用不是按成本来定价的，而是执行政府指导价格。开展全成本核算，对新市场形势下的医院经营管理会起促进作用，但更重要的是，为财政补偿提供了蓝本。随着规范的全成本核算得以有效实施并最终成为医疗机构获得政府财政补偿的依据，在一定程度上必能降低群众看病贵的问题。目前大多数医院实行的成本核算只停留在业务科室奖金分配上，医院成本核算多是材料物资等消耗为主的变动成本和以工资等少数的固定成本为核算对象，主要核算直接成本，对行政后勤等间接成本分摊考虑的很少。成本预算的制定流于形式，缺乏科学依据，许多大型设备购置前期并未进行可行性分析论证，更别谈考虑机会成本、货币时间价值等因素，造成大量固定资产折旧，导致医疗成本过大。对尚未发生的不必要的消耗在事前进行成本控制更是各医疗机构成本管理的空白。新医院会计制度的6万字相对于旧制度的2万字，无疑是一次全面的修订：基建并入“大账”；取消修购基金和固定基金；确立权责发生制；固定资产计提折旧；合并医疗药品收支核算；完善科目体系；完善财务报告体系......这些都是医院财务人员必须熟悉掌握的。只有科学合理的划分成本核算单元，规范医院各项基础管理工作，进行了准确的会计核算，才能为成本核算提供正确有用的资料，为成本核算奠定基础。财务人员还应借由此次契机，升级现有的会计电算化系统，开发先进的成本核算软件系统，使之与会计电算化系统、物资管理系统、固定资产系统、门诊收费系统、住院收费系统等紧密衔接，方便接收和输出各种数据。同时，软件应具备科学合理的奖金核算功能，有完善的成本计划、预测、控制、分析、考核、评价等管理功能，提高成本核算的水平和效率。成本核算促使财务人员从关心数字到关心资本经营，从关心物到关心作业和对资金运动分解全过程管理，这是一个全新观念转变。 设立总会计师制度
1998年在财政部、卫生部联合颁发的《医院财务制度》中要求“符合条件的医院应建立总会计师制度”，而2011年新医院财务制度规定“三级医院须设置总会计师”、“医院的财务活动在医院负责人及总会计师领导下，由医院财务部门集中管理”。从10多年前的“应”设立到如今的“须”设立，虽然只一字之差，却传递着一个积极且重要的讯号，医院要加强经营管理、自身完善，老百姓要降低医疗费用，政府部门要加强监督，都需医院总会计师的配合。目前很少有医疗机构设立总会计师，主要原因是一些政府部门和医院“一把手”对总会计师的认识还不到位，认为总会计师是一个摆设，所做的工作无非是会计主管、财务主管的职责，并没有将总会计师的职责上升到市场价值运作和企业战略决策的高度。但可喜的是，在北京、重庆、杭州等地，一些医疗机构已经开始了新的尝试。2010年8月 ，北京朝阳医院率先设立医院总会计师制度，任命张仁华同志为该医院的总会计师。未设置总会计师的医院里，单位负责人多半是医学专家、业务骨干、学科带头人，其医疗科研任务繁重，投入经营管理精力不够，使医院宏观控制能力失调；一周一次决定医院重大决策的院办公会，不可能每次让管钱管物的科长列席并发表长篇大论，导致研究经济工作的时间和听取专业财经建议的机会减少，不利于医院深层次重大决策实施。未设置总会计师的医院里，各部门紧盯各自利益，很少从全局角度看问题，导致资金使用效率不高。建立总会计师制度后，由总会计师组织医院财务管理、预算管理、成本核算、财务控制、财务监督、税务处理等方面的工作，有效的与医院人事管理、行政管理、业务管理、经济管理融为一体，共同组成一个高效医院管理体系。总会计师真正的价值应当体现在作为医院领导班子中的财务专家，为医院的资本运作、战略决策、经营风险管理、企业业绩的衡量与控制等重大经营行为提供财务技术支持。上述新制度重点强调的三方面，对医院财务人员来说既是一项机遇又是一项挑战。
长期以来，医院一直“重医疗、轻财务”，财务人员并非都是专业科班出身，有些甚至是一些临床医技无法安置的人员。财务人员待遇低，金字塔底端的收入留不住中高级管理人才。受财务人员专业水平的限制，我国的医院财务会计工作职能只限于简单、机械地记账、算账、报账，未能充分利用财务资料等信息，对医院的经营效果进行总结和分析。财务管理不注意未来，不重视医院资产投资前的财务论证决策，很容易引发财务风险。新制度的出台督促医院重视财务工作，提高财务人员待遇，积极选拔引进高水平财务管理人才，增加对财务人员管理的投入。更要求现有财务人员通过继续教育，强化对会计、法规、财务管理、计算机等知识的再学习。医院财务工作专业性极强，在日常管理方面工作量大，要想不断跟上新形势的发展，必须更新观念，强化改革意识，扩大财务工作职能，确定管理目标，合理配置资源，调节、控制经营管理，评价考核经济业绩。从而实现从单纯记账报账型向核算、管理控制型的职能转变。通过建立完整的管理会计制度和核算工作网络体系，达到不断改进经营管理，降低成本费用，提高结余率和综合效益的目的。